设计全面预算控制是在评估全面预算风险的基础上，对全面预算内部控制进行设计的过程，是全面预算内部控制设计的关键环节，基本程序包括：确定全面预算关键控制点；明确全面预算控制目标；提出全面预算控制措施；设计全面预算控制证据；完善全面预算相关制度；绘制全面预算控制流程图；编制全面预算控制矩阵。
1、设计关键控制点。企业在构建与实施全面预算内部控制过程中，要针对全面预算风险评估的结果，确定全面预算的一般控制点和关键控制点，并编制全面预算控制要点表。确定全面预算的一般控制点和关键控制是件很困难的事，要根据企业实际情况确定，也因人们的专业判断而有所差异。《全面预算指引》重点对预算编制、预算执行和预算考核等环节进行了规范。
2、设计控制目标。全面预算控制目标就是要保证全面预算合法、安全、有效、可靠，从而有效控制全面预算中可能存在的各种风险。实际工作中，应根据识别出来的全面预算具体风险来设计，不能固定化、模式化。
3、设计控制措施。企业在构建与实施全面预算内部控制过程中，要强化对全面预算控制点、尤其是关键控制点的风险控制，并采取相应的控制措施。企业全面预算控制措施要与全面预算相融合，嵌入到全面预算流程当中。
按照《全面预算指引》的要求，企业应当加强全面预算工作的组织领导，明确预算管理体制以及各预算执行单位的职责权限、授权批准程序和工作协调机制等。企业应当设立预算管理委员会，负责拟定预算目标和预算政策、制定预算管理具体措施和办法、组织编制和平衡预算草案、下达经批准的年度预算、协调解决预算编制和执行中的问题、考核预算执行情况以及督促完成预算目标等工作，其成员由企业负责人和内部相关部门负责人组成。企业还应下设预算管理工作机构，履行日常管理职责，一般设在财会部门。
4、设计控制证据。为了全面预算制度的有效实施，需要制定必要的表单，作为全面预算制度的附件，为全面预算过程留下控制证据。全面预算相关文件资料很多，包括预算目标、预算政策、预算草案、批准预算文件、预算分析报告及预算考核记录等。
5、优化控制制度。企业需要建立一系列制度体系和保障机制，促进全面预算的作用得到有效发挥。全面预算控制制度不是新建的一套独立制度，而是将内部控制思想嵌入到全面预算制度中去。全面预算制度到底制定多少个，内容到底包括哪些，因企业而有别，从务实角度考虑，不宜过多，可制定一套统一的全面预算控制管理制度。
6、绘制控制流程图。全面预算控制流程图要根据全面预算流程、风险点、控制点及其相关的控制措施，结合具体单位的实际情况来绘制。特别要强调的是，应把全面预算内部控制流程和全面预算流程整合在一起，并在图中标示风险点和控制点。
7、编制控制矩阵。全面预算控制矩阵是对全面预算流程图中风险点、控制措施和控制证据等要素的详细说明与描述，是全面预算内部控制设计结果的集中体现，也是企业内部控制管理手册的重要组成部分。实际上是上述工作的综合汇总。
本阶段设计工作成果是形成《全面预算控制要点及关键控制表》、《全面预算内部控制目标表》、《全面预算内部控制措施表》、《全面预算控制证据表》、《全面预算制度完善建议表》、《全面预算控制流程图》、《全面预算控制矩阵》等。
